Муниципальное образование Кутопьюганское создано путем объединения муниципального образования село Кутопьюган и муниципального образования село Нори, наделено статусом сельского поселения, с входящими в его состав населенными пунктами село Кутопьюган, село Нори.
Первые упоминания о населённом пункте Кутопьюган относятся к концу XVIII началу XIX века, он был перевалочной базой ненцев из лесного района. Кутопьюган в переводе с хантыйского означает «средняя река». В устье реки Кутопьюган, на её правом высоком берегу и расположился посёлок, который первоначально развивался, как пункт обмена пушнины и оленьего мяса на соль, хозяйственную утварь, орудия лова, порох, дробь. Основную массу жителей посёлка представляют потомки кочевых оленеводов, охотников, рыбаков: Анагуричи, Неркагы, Салиндер, Тибичи.
Одно из первых официальных упоминаний о посёлке Кутопьюган относится к публикации «Списка населённых пунктов Тобольского округа Уральской области», составленного по состоянию на 1 декабря 1924 года.
